发酵法生产柠檬酸，活性炭的作用是除去胶质、蛋白质和脱色。柠檬酸液中有称为罗维邦红色素和罗维邦黄色素的色素，活性炭很易除去其中的红色素，而对除去黄色素却较困难。因此，当使用市售普通活性炭时，经脱色处理后的柠檬酸往往残留有黄色素而影响结晶色品。近年，国内有研究成功易于去除黄色素的专用活性炭。但当将柠檬酸制成柠檬酸钠时，则应选用另外的专用活性炭处理。